• Promoción de la capacidad competitiva de la agricultura y la ganadería .
• Ordenación agrícola, forestal y ganadera.          
• Desarrollo rural y diversificación de la actividad económica en el medio rural.  
• Producción y sanidad animal y vegetal.  
• Garantía y fomento del desarrollo sostenible y multifuncional del agro vasco y del conjunto del medio rural.
• Régimen de aprovechamiento de la riqueza cinegética y piscícola continental.
• Asociaciones, oranizaciones y corporaciones profesionales de los sectores agrícola, ganadero, forestal, alimentario y pesquero.
• Formación agraria y del medio rural.
• Investigación agraria, alimentaria, pesquera y oceanógrafica.
• Industrias y comercialización agrarias, pesqueras y alimentarias.
• Industrias de primera transformación forestal.
• Calidad y garantía de los productos agropesqueros y alimentarios.
• Denominaciones de origen y distintivos de calidad y garantía de productos agropesqueros y alimentarios.
• Trazabilidad y seguridad de los alimentos.
• Viticultura y enología.
• Organismo Pagador de los gastos de la política agraria común de la UE.
• Ordenación pesquera, pesca marítima, marisqueo y acuicultura.
• Planificación y fomento de las estructuras de transformación y comercialización de productos pesqueros.
• Formación náutico-pesquera y enseñanzas náutico-recreativas.
• Buceo profesional.
• Desarrollo local de las zonas pesqueras.
• Protección y control de los animales. Núcleos zoológicos.
• Ordenación y estructuración de los sectores cárnicos y lácteo.

Decreto 8/2005, de 27 de junio, del Lehendakari, de creación, supresión y modificación de los Departamentos de la Administración de la Comunidad Autónoma del País Vasco y de determinación de funciones y áreas de actuación de los mismos. (BOPV 122; 28/06/05).

Decreto 290/2005, de 11 de octubre, por el que se establece la estructura orgánica y funcional del Departamento de Agricultura, Pesca y Alimentación. (BOPV 203; 25/10/2005)

• Comisión de Política Agraria y Alimentaria.
  - Decreto 290/2005, de 11 de octubre (BOPV 203; 25/10/2005)
  - Decreto 290/2005, de 11 de octubre. Corrección de errores (BOPV 203; 25/10/2005)
• Comisión de Política Pesquera.
  - Decreto 290/2005, de 11 de octubre (BOPV 203; 25/10/2005)
  - Decreto 290/2005, de 11 de octubre. Corrección de errores (BOPV 203; 25/10/2005)
• Mesa Consultiva Nacional Agraria.
  - Decreto 290/2005, de 11 de octubre (BOPV 203; 25/10/2005)
  - Decreto 290/2005, de 11 de octubre. Corrección de errores (BOPV 203; 25/10/2005)
  - Orden de 7 de mayo de 1997 (BOPV 91; 15/05/1997)
  - Orden de 15 de diciembre de 2004. Modificación de la Orden de 7 de mayo de 1997 (BOPV 20; 31/01/2005)
• Mesa Consultiva Nacional de Pesca.
  - Decreto 290/2005, de 11 de octubre (BOPV 203; 25/10/2005)
  - Decreto 290/2005, de 11 de octubre. Corrección de errores (BOPV 203; 25/10/2005)
  - Orden de 23 de julio de 1996 (BOPV 180; 18/09/1996)
• Mesa de Contratación.
  - Orden de 11 de junio 1999 (BOPV 130; 09/07/1999)
• Juntas Arbitrales de Arrendamientos Rústicos de Alava, Bizkaia y Gipuzkoa.
  - Decreto 94/1983, de 25 de abril (BOPV 71; 25/05/1983)
  - Decreto 94/1983, de 25 de abril (BOPV 86; 15/06/1983)
  - Decreto 398/1987, de 3 de noviembre (BOPV 215; 13/11/1987)
• Comisión Técnica para el Desarrollo y Aplicación de la Reglamentación sobre Plaguicidas.
  - Orden de 15 de febrero de 1990 (BOPV 43; 28/02/1990)
• Consejo de Razas Animales Autóctonas Vascas.
  - Decreto 373/2001, de 26 de diciembre (BOPV 14; 21/01/2002)
• Consejo Vasco de la Producción Agraria Ecológica.
  - Decreto 229/1996 , de 24 de septiembre (BOPV 193; 07/10/1996)
• Comisión Coordinadora para la Producción Integrada de Euskadi.
  - Decreto 31/2001, de 13 de febrero (BOPV 38; 22/02/2001)
  - Orden de 5 de febrero de 2002 (BOPV 48; 08/03/2002)
• Landaberri.
  - Ley 10/1998, de 8 de abril (BOPV 80; 04/05/1998)
  - Decreto 95/1998, de 2 de junio (BOPV 104; 05/09/1998)
• Consejo Consultivo de Desarrollo Rural.
  - Ley 10/1998, de 8 de abril (BOPV 80; 04/05/1998)
  - Decreto 95/1998, de 2 de junio (BOPV 104; 05/09/1998)
• Comisión de Alimentación Animal de Euskadi
  - Decreto 90/2005, de 12 de abril (BOPV 100; 30/05/2005)
• Centro Vasco de Control Lechero (C.V.L.)
  - Decreto 13/2007, de 30 de enero (BOPV 42; 28-02-2007)

No se le adscriben.

• ITSASMENDIKOI - Centro integral para la formación y promoción del medio rural  
• NEIKER - Instituto Vasco de Investigación y Desarrollo Agrario

Fundaciones

• KALITATEA - Entidad dedicada a la gestión, promoción, control y certificación de productos con Eusko Label y otros productos agroalimentarios de calidad del País Vasco
• ELIKA - Fundación Vasca para la Seguridad Agroalimentaria
• AZTI - Investigación, proyectos y servicios tecnológicos

• EUSKADI.NET
• ITSASMENDIKOI - Centro integral para la formación y promoción del medio rural
• NEIKER - Instituto Vasco de Investigación y Desarrollo Agrario
• IKT - Investigación y Tecnología Agraria
• KALITATEA - Fundación para la gestión de Eusko Label
• ELIKA - Fundación Vasca para la Seguridad Agroalimentaria
• AZTI - Investigación, proyectos y servicios tecnológicos