Además de los programas de ayudas Investigación e Innovación e Ikerketa, con los que se pretende impulsar la generación de proyectos de investigación, desarrollo e innovación en las propias empresas del sector agropesquero y alimentario vasco, el Departamento de Medio Ambiente, Planificación Territorial, Agricultura y Pesca impulsa y financia investigación principalmente a través de convenios de colaboración con diferentes entidades y centros tecnológicos en función de sus especializaciones y grado de excelencia.

El establecimiento de un marco específico de relación entre el Departamento de Medio Ambiente, Planificación Territorial, Agricultura y Pesca y los centros permite planificar y programar la I+D+I agraria, alimentaria, pesquera y oceanográfica, coordinando, impulsando y gestionando las diferentes líneas de actuación en dicha materia, a través del catálogo de proyectos que aprueban las comisiones de seguimiento que tiene asignadas cada uno de los convenios.